Noortekogu kõrgeim organ on Keskerakonna Noortekogu Kongress, mis kutsutakse kokku vähemalt kord aastas. Kongress valib salajasel hääletusel esimehe ja juhatuse. Noortekogu juhatus, mida juhib NK esimees, korraldab Noortekogu igapäevast tegevust ning valib Noortekogule sekretariaadi. Sekretariaat, mille tegevust koordineerib peasekretär, allub oma tegevuses juhatusele ja Noortekogu esimehele.
Noortekogu struktuuriüksusteks on maakondade, linnade või linnaosade klubid. Klubi suuruse alammääraks on kümme liiget, ülemmäära ei ole. Klubide esimeeste ja juhatuse liikmete ühiskoosolekut nimetatakse Keskerakonna Noortekogu Volikoguks ja see käib koos vähemalt neli korda aastas. Volikogu valib endale esimehe ja kuni kaks aseesimeest.
Täpsemalt võid lugeda Keskerakonna Noortekogu erinevate struktuuriüksuste toimimise, ülesannete ja alluvuse kohta Noortekogu põhikirjast.